Oct 21

Challenges MICCAI pour la Segmentation en SEP et TEP

Description des Challenges

L’objectif des compétitions « Miccai 2016 » organisées par le nœud FLI-IAM est de démontrer la pertinence de notre scénario #2 dans un contacte réel à savoir comment une infrastructure informatique est e, mesure de piloter l’évaluation d’algorithme de segmentation d’images médicales dans des métiers différents L’objectif de ces compétitions est d’évaluer l’état de l’art des méthodes de segmentation avancées avec des outils (services) fournis par les participants et s’exécutant sur des données et une infrastructure d’hébergement et de calcul fournie par le nœud FLI-IAM. Les bases de données sont apportées par des communautés d’usagers en collaboration avec FLI-IAM (OFSEP[1] pour la compétition SEP et l’American Association of Physicists in Medicine (AAPM et son groupe de travail 211[2]) pour la compétition TEP. Des données d’entrainement sont mises à disposition des participants, qui une fois les premiers tests réalisés, montent leurs solutions de traitement d’image sur l’infrastructure afin de les exécuter sur les données la compétition. Les résultats sont automatiquement enregistrés sur le serveur de données de l’infrastructure et les métriques d’évaluation calculées et stockées. Dans cet exemple l’infrastructure FLI-IAM sert à :

  • Déposer les données d’imagerie des compétitions
  • Héberger et exécuter les outils de traitement d’image en compétition
  • Calculer les résultats de la compétition
  • Enregistrer les données traitées par les méthodes en compétitions
  • Diffuser les résultats de la compétition

Un portail web a été mis en œuvre à cette occasion afin de gérer ses différents aspects (de l’authentification des usagers à la navigation dans les services de l’infrastructure).

Liens externes:

 

[1] OFSEP : Observatoire Français pour la Sclérose en Plaques (http://www.ofsep.org)

[2] ]http://aapm.org/org/structure/default.asp?committee_code=TG211

Lien Permanent pour cet article : https://project.inria.fr/fli/english-miccai-ms-and-pet-segmentation-challenges/

Oct 15

Journée France Life Imaging – JFR 2015

Journée France Life Imaging – JFR 2015 –  15 octobre 2015

Session Noeud IAM

“Quels enjeux, quels besoin pour l’imagerie de population ?”

Objectifs

Stimuler la recherche translationnelle en favorisant les interactions entre les radiologues et les chercheurs

Public

Chercheurs et étudiants en imagerie, radiologues, industriels.

Programme

Télécharger (PDF, 752KB)

Session 4 • Table ronde FLI-­‐IAM : Quels enjeux, quels besoin pour l’imagerie de population ?

  • Christian Barillot, CNRS-Inria Rennes “Introduction à FLI-IAM
    • GDE Erreur: Erreur lors de la récupération du fichier - si nécessaire, arrêtez la vérification d'erreurs (404:Not Found)
  • Bernard Mazoyer, GIN, Bordeaux “Neuroimagerie en population:: défis et enjeux de santé
  •  Pierre Mouillard, Vigisys, Toulouse “Imagerie de population – aspects techniques et industriels
  • Jean-­‐Gabriel Ganascia, UPMC-­‐LIP6, Paris: “Aspects ethiques du traitement numerisé de larges bases de données en santé
  • Table ronde animée par Jean-­‐François Chateil, Michel Dojat

FullSizeRender

Lien Permanent pour cet article : https://project.inria.fr/fli/journee-france-life-imaging-jfr-2015/

Sep 21

MAPPING Workshop Program

MICCAI MAPPING workshop Program and Proceedings are Online

Lien Permanent pour cet article : https://project.inria.fr/fli/mapping-workshop-program/

Jun 13

Miccai MAPPING Workshop: Nouvelle Date Limite

Submission deadline for the MAPPING workshop has been extended to June 21st

Lien Permanent pour cet article : https://project.inria.fr/fli/miccai-mapping-workshop-nouvelle-date-limite/

Jun 02

Workshop MAPPING-Miccai : Site de soumission ouvert

The MAPPING workshop has been accepted by the MICCAI 2015 conference as an official satellite workshop of the Miccai International Conference

Lien Permanent pour cet article : https://project.inria.fr/fli/workshop-mapping-miccai-site-de-soumission-ouvert/

Jun 01

Postes restant à pourvoir

  • France Life Imaging (FLI) – Le Noeud “Information Analysis and Management (IAM)” propose 1 poste d’ingénieur de recherche et développement afin de completer l’équipe nationale de développement de l’infrastructure

  • Lien vers l’annonce

Lien Permanent pour cet article : https://project.inria.fr/fli/poste-restant-a-pourvoir/

Mar 30

Workshop “Open and Big Data for Life Imaging”, 30 Mars, 2015

  • Lundi 30 Mars 2015 – 9:30 to 17:00 Paris Aviesan :

    Workshop on “Open and Big Data for Life Imaging”

    Programme et compte rendu des présentations et discussions :

Liens vers les présentations:

Liste des participants

Lien Permanent pour cet article : https://project.inria.fr/fli/fli-iam-workshop-on-open-and-big-data-for-life-imaging-march-30th-2015/

Mar 17

Workshop satellite SFRMBM – FLI-IAM, 17 Mars 2015

  • Mardi 17 Mars 2015 de 14h00 à 16h30 Grenoble GIN  :

Table Ronde: Quel(s) besoins(s) en gestion de l’information pour l’imagerie par résonance magnétique en biologie et médecine ?

  • Gestion de données pour l’imagerie in vivo préclinique : le point de vue du chimiste. Olivier Tillement Institut Lumière Matière (Univ. Lyon).
  • Gestion de données pour l’imagerie in vivo préclinique en R&D industriels. Philippe Robert (Guerbet, Roissy).
  •  IAM : l’action transversale de gestion de données et d’outils de France Life Imaging Christian Barillot et Michel Dojat (FLI-IAM)
  •  Débat : Adéquation des actions FLI en cours et des besoins des utilisateurs RMNistes.

Programme:

Télécharger (PDF, 2.82MB)

TABLE RONDE : Quel(s) besoins(s) en gestion de l’information pour l’imagerie par résonance magnétique en biologie et médecine ?

  • Gestion de données pour l’imagerie in vivo préclinique : le point de vue du chimiste. Olivier Tillement Institut Lumière Matière (Univ. Lyon).
  • Gestion de données pour l’imagerie in vivo préclinique en R&D industriels. Philippe Robert (Guerbet, Roissy) (présentation).
    • Enjeux de la R&D industrielle: comment gérer le modèle de cout de cette phase
    • notion de données fiables:
      • objectif : go-nogo pour prendre la bonne decision
      • données reproductibles et reproduites (workflow “Generation des données/Analyse/Verification”)
      • solutions: logiciel adapté, protocole IRM optimisés, Verification des données, imagerie multimodale et colocalisation, Effectif adapté, multiplier les groupes témoins, travailler en aveugle (randomisation)
    • recherche translationnelle:
      • penser l’experimentation pour passer de l’animal a l’homme
      • effectif significatif pour convaincre
      • analyse statistique (effectif / groupe): calcul de puissance en fonction de l’effet étudié
    • Sécurité des données
      • archivage des données
      • traçabilité des traitements (e.g. sauvegarde des ROIs)
      • besoin de partage d’images
      • intelligence économique, précautions à prendre et enjeux:
        • outils de partage sécurisé
        • données perso et professionnelles = pétrole du 21ieme siècle
        • accord de confidentialité préalable à l’échange
        • experimentation animale sensible: respect de la réglementation, formation des personnels
    • attentes vis a vis de FLI
      • standardisation des approches, standard qualité:
        • standardisation des logiciels: chacun veut promouvoir son approche originale
      • Comment gérer la variabilité des outils informatiques sur different sites
      • intégration de l’imagerie multimodale

Stands de FLI-IAM à la conférence SFRMBM – Grenoble 18-20 Mars 2015

IMG_2425 IMG_2427

Posters

Lien Permanent pour cet article : https://project.inria.fr/fli/joint-workshop-sfrmbm-fli-iam-march-17th-2015/

Oct 16

Journées Françaises de Radiologie, 16 Octobre 2014

Journée France Life Imaging – JFR 2014

Objectifs

Stimuler la recherche translationnelle en favorisant les interactions entre les radiologues et les chercheurs

Public

Chercheurs et étudiants en imagerie, radiologues.

http://jfr.radiologie.fr/sites/jfr.prod/files/files/JFR%202014/Programme%20journée%20FLI%20JFR%202014-v6.pdf

Programme

Session 1 • Présentation de France Life Imaging

09h15 – 10h00 FLI : Etat des lieux et investissements futurs Régine TREBOSSEN / Franck LETHIMONNIER 10h00 – 10h10 Présentation de l’offre de formation FLI Vivienne FARDEAU

Session 2 • Formation « Etat de l’art en imagerie »

10h30 – 11h15 11h15 – 12h00 12h00 – 12h45

IRM haut-champs, petit animal / clinique Nouveaux outils échographiques Scanner spectral

Fawzi BOUMEZBEUR et Maxime GUYE
Lori BRIDAL et Nathalie LASSAU
Carine KRONLAND-MARTINET et Philippe DOUEK

Session 3 • Table ronde Noeud IAM : Quel(s) besoin(s) en traitement de l’information pour la recherche clinique en imagerie ?

14h00 – 16h30

  • Gestion de données d’imagerie pour la recherche : le point de vue du radiologue, Jean-François CHATEIL
  • Difficultés techniques au quotidien avec les données d’imagerie, Philippe PUECH
  • IAM : l’action transversale de gestion de données et d’outils de France Life Imaging, Christian BARILLOT, Michel DOJAT
  • Débat : Adéquation des actions FLI en cours et des besoins des utilisateurs radiologues

Lien Permanent pour cet article : https://project.inria.fr/fli/french-congress-of-radiology-october-16th-2014/