{"id":83,"date":"2023-09-05T16:29:10","date_gmt":"2023-09-05T14:29:10","guid":{"rendered":"https:\/\/project.inria.fr\/gdtmathbio\/?page_id=83"},"modified":"2026-05-29T13:47:50","modified_gmt":"2026-05-29T11:47:50","slug":"journees-communes","status":"publish","type":"page","link":"https:\/\/project.inria.fr\/gdtmathbio\/journees-communes\/","title":{"rendered":"Journ\u00e9es communes"},"content":{"rendered":"<p><big>Trois journ\u00e9es par an (Lyon, Marseille et Grenoble) avec 4 expos\u00e9s.<\/big><\/p>\n<p><strong> Programme pr\u00e9visionnel 2025\/2026 : <\/strong><\/p>\n<ul>\n<li> <span style=\"color: #999999;\"><strong> vendredi 5 d\u00e9cembre 2025 <\/strong> : journ\u00e9e \u00e0 Marseille<\/span><\/li>\n<li> <span style=\"color: #999999;\"><strong> vendredi 20 mars 2026 <\/strong> : journ\u00e9e \u00e0 l&rsquo;UMPA (Lyon)<\/span><\/li>\n<li> <strong> lundi 1 juin 2026 <\/strong> : journ\u00e9e \u00e0 Grenoble<\/li>\n<\/ul>\n<p><big style=\"font-family: Cambria;\"><big style=\"font-weight: bold;\">Journ\u00e9e 3 \u00e0 Grenoble le 1 juin 2026 (10h -16h) <\/big><\/p>\n<ul>\n<li> Lieu : <strong>\/!\\ Changement de salle \/!\\ Institut Fourier, salle 4 le matin et amphi Chabauty l&rsquo;apr\u00e8s-midi<\/strong> <\/li>\n<li> Inscription : <a href=\"https:\/\/beta.framadate.org\/polls\/3455d2b7b01d7c8c9286\">https:\/\/beta.framadate.org\/polls\/3455d2b7b01d7c8c9286<\/a><\/li>\n<li> Programme :\n<ul>\n<li> 9h45 : Accueil <\/li>\n<li> 10h &#8211; 11h : <strong>Chlo\u00eb Mian <\/strong> (Institut Fourier, Grenoble), <em>Dynamique de deux esp\u00e8ces avec des interactions densit\u00e9-d\u00e9pendantes dans un contexte mutualiste<\/em>\n<p class=\"has-medium-font-size\">R\u00e9sum\u00e9 : Les interactions mutualistes sont tr\u00e8s r\u00e9pandues dans les \u00e9cosyst\u00e8mes et peuvent \u00e9voluer vers le parasitisme en fonction de la densit\u00e9 des esp\u00e8ces. Nous d\u00e9veloppons un mod\u00e8le d\u00e9terministe g\u00e9n\u00e9ral d\u00e9crivant deux populations en interaction qui int\u00e8gre \u00e0 la fois les co\u00fbts et les avantages du mutualisme par le biais d\u2019effets d\u00e9pendants de la densit\u00e9. En utilisant simplement des \u00e9quations diff\u00e9rentielles ordinaires et l\u2019analyse des portraits de phase, nous identifions les conditions g\u00e9n\u00e9rales conduisant \u00e0 diff\u00e9rents comportements dynamiques. En particulier, nous montrons que des cycles limites peuvent appara\u00eetre lorsque les interactions comportent des phases parasitaires, alors qu&rsquo;ils sont absents dans les r\u00e9gimes strictement mutualistes. Ce cadre fournit une approche g\u00e9n\u00e9rale pour caract\u00e9riser la dynamique des populations d&rsquo;esp\u00e8ces en interaction et met en \u00e9vidence l&rsquo;effet des transitions du mutualisme vers le parasitisme dues \u00e0 la d\u00e9pendance \u00e0 la densit\u00e9.<\/p>\n<\/li>\n<li> 11h15 &#8211; 12h15 : <strong>Rebecca Tyson (University of British Columbia, Canada)<\/strong>, <em>Basculement sensible \u00e0 la phase dans les \u00e9cosyst\u00e8mes : Un nouveau m\u00e9canisme d&rsquo;extinction<\/em>\n<p class=\"has-medium-font-size\">R\u00e9sum\u00e9 : Les syst\u00e8mes cycliques peuvent pr\u00e9senter des comportements tr\u00e8s inattendus lorsqu&rsquo;ils sont soumis \u00e0 des for\u00e7ages externes. De nombreux syst\u00e8mes consommateur-ressource sont intrins\u00e8quement cycliques et soumis \u00e0 des for\u00e7ages climatiques qui peuvent \u00e9galement \u00eatre domin\u00e9s par certaines fr\u00e9quences. Dans ce projet de recherche, nous nous demandons si les changements pr\u00e9dits de la couleur et de la fr\u00e9quence du bruit environnemental pourraient mettre en p\u00e9ril les syst\u00e8mes cycliques consommateur-ressource. Nous \u00e9tudions cette question en analysant un mod\u00e8le pr\u00e9dateur-proie continu et un mod\u00e8le h\u00f4te-parasito\u00efde discret, tous deux int\u00e9grant un effet Allee, sous l&rsquo;effet de for\u00e7ages climatiques mod\u00e9lis\u00e9s par des variations de la productivit\u00e9 des proies ou des h\u00f4tes.<br \/>\nNotre analyse de ces mod\u00e8les r\u00e9v\u00e8le un comportement contre-intuitif, que nous appelons basculement de phase ou basculement de type P (P-tipping). Ce basculement se produit m\u00eame si le cycle consommateur-ressource existe et est stable pour toutes les valeurs des param\u00e8tres climatiques. Nous \u00e9tudions les m\u00e9canismes \u00e0 l&rsquo;origine du basculement de type P et les similitudes et diff\u00e9rences entre les syst\u00e8mes continus et discrets. Nous examinons \u00e9galement la probabilit\u00e9 de ce basculement en fonction des projections de la stochasticit\u00e9 climatique.<\/p>\n<\/li>\n<li> 12h15 &#8211; 13h45 : Buffet (caf\u00e9t\u00e9ria de l&rsquo;Institut Fourier)\n<li> 13h45 &#8211; 14h45 :  <strong>Vivien Lecomte<\/strong> (LiPhy, Grenoble), <em>Mapping thermodynamically feasible metabolic states<\/em>\n<p class=\"has-medium-font-size\"> R\u00e9sum\u00e9 : Thermodynamically, living cells are open systems, driven out of equilibrium by input fluxes (resources) and output fluxes (products, work, waste). A central question of systems biology is to understand the possible internal states of a cell from the knowledge of input\/output fluxes and other biological bounds. Chemical reaction networks (CRNs) are now widely known for many cells and offer a quantitative framework to tackle it. A Physicist\u2019s take of the problem consists in mapping the allowed values of internal reaction currents given the known constraints. At stationarity, the relation between internal reaction currents and external ones would be purely affine if it were not for an essential feature of biological CRNs: inside a cell, conservation of energy implies that reaction rates must satisfy detailed balance. The corresponding constraint on currents, named thermodynamic feasibility, renders the internal\/external currents&rsquo; interdependency non-linear. In this work, we fully characterize the space of thermodynamically feasible currents by showing that they constitute the bounded chambers of a well-defined hyperplane arrangement. To achieve this, we make use of \u00abgeometric\u00bb concepts of (hyper)graph theory (such as cycles and cocycles), that generalize the notion of Kirchoff law(s) to CRNs.<br \/>\nJoint work with Sara Dal Cengio and Delphine Ropers<\/p>\n<\/li>\n<li> 15h &#8211; 16h : <strong>Lena Kuwata<\/strong> (Inria Grenoble), <em>Mod\u00e9lisation de la croissance d&rsquo;un champignon filamenteux<\/em>\n<p class=\"has-medium-font-size\">R\u00e9sum\u00e9 : Les champignons filamenteux jouent un r\u00f4le crucial dans le fonctionnement de nombreux \u00e9cosyst\u00e8mes. Ils sont constitu\u00e9s de filaments interconnect\u00e9s qui croissent et branchent pour former un r\u00e9seau, appel\u00e9 myc\u00e9lium. On mod\u00e9lise la croissance du r\u00e9seau myc\u00e9lien par un processus de naissance et de mort spatial dans lequel chaque filament est repr\u00e9sent\u00e9 par la position de son extr\u00e9mit\u00e9, dont la trajectoire est solution d\u2019une \u00e9quation diff\u00e9rentielle stochastique avec un terme de d\u00e9rive d\u00e9pendant de toutes les autres trajectoires. Le branchement peut s\u2019effectuer soit au niveau de l\u2019extr\u00e9mit\u00e9 soit le long d\u2019un filament \u00e0 des taux d\u00e9pendant de la position du point de branchement, et les filaments peuvent s\u2019arr\u00eater de cro\u00eetre \u00e0 un taux d\u00e9pendant en outre de la position des autres extr\u00e9mit\u00e9s. On \u00e9tudie la limite en grande population de ce processus et on caract\u00e9rise le processus limite comme la solution faible d\u2019une certaine \u00e9quation aux d\u00e9riv\u00e9es partielles.<\/p>\n<\/li>\n<\/ul>\n<\/li>\n<\/ul>\n<p>Journ\u00e9e soutenue par Inria.<\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"<p>Trois journ\u00e9es par an (Lyon, Marseille et Grenoble) avec 4 expos\u00e9s. Programme pr\u00e9visionnel 2025\/2026 : vendredi 5 d\u00e9cembre 2025 : journ\u00e9e \u00e0 Marseille vendredi 20 mars 2026 : journ\u00e9e \u00e0 l&rsquo;UMPA (Lyon) lundi 1 juin 2026 : journ\u00e9e \u00e0 Grenoble Journ\u00e9e 3 \u00e0 Grenoble le 1 juin 2026 (10h -16h)\u2026<\/p>\n<p> <a class=\"continue-reading-link\" href=\"https:\/\/project.inria.fr\/gdtmathbio\/journees-communes\/\"><span>Continue reading<\/span><i class=\"crycon-right-dir\"><\/i><\/a> <\/p>\n","protected":false},"author":2367,"featured_media":0,"parent":0,"menu_order":0,"comment_status":"closed","ping_status":"closed","template":"","meta":{"footnotes":""},"class_list":["post-83","page","type-page","status-publish","hentry"],"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/project.inria.fr\/gdtmathbio\/wp-json\/wp\/v2\/pages\/83","targetHints":{"allow":["GET"]}}],"collection":[{"href":"https:\/\/project.inria.fr\/gdtmathbio\/wp-json\/wp\/v2\/pages"}],"about":[{"href":"https:\/\/project.inria.fr\/gdtmathbio\/wp-json\/wp\/v2\/types\/page"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/project.inria.fr\/gdtmathbio\/wp-json\/wp\/v2\/users\/2367"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/project.inria.fr\/gdtmathbio\/wp-json\/wp\/v2\/comments?post=83"}],"version-history":[{"count":133,"href":"https:\/\/project.inria.fr\/gdtmathbio\/wp-json\/wp\/v2\/pages\/83\/revisions"}],"predecessor-version":[{"id":651,"href":"https:\/\/project.inria.fr\/gdtmathbio\/wp-json\/wp\/v2\/pages\/83\/revisions\/651"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/project.inria.fr\/gdtmathbio\/wp-json\/wp\/v2\/media?parent=83"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}