{"id":226,"date":"2017-04-28T16:24:35","date_gmt":"2017-04-28T14:24:35","guid":{"rendered":"https:\/\/project.inria.fr\/icycle\/?page_id=226"},"modified":"2017-07-25T11:03:58","modified_gmt":"2017-07-25T09:03:58","slug":"phd-offer-inra","status":"publish","type":"page","link":"https:\/\/project.inria.fr\/icycle\/fr\/phd-offer-inra\/","title":{"rendered":"Th\u00e8se @ Inra"},"content":{"rendered":"

CE POSTE N’EST PLUS DISPONIBLE<\/strong><\/p>\n

Analyse math\u00e9matique de la dynamique de r\u00e9seaux de r\u00e9gulation biologique<\/strong><\/p>\n

Contexte:<\/strong> Le comportement dynamique d\u2019une cellule vivante est un ph\u00e9nom\u00e8ne complexe, qui r\u00e9sulte de la connexion de nombreux r\u00e9seaux de r\u00e9gulation mol\u00e9culaires (r\u00e9gulations g\u00e9n\u00e9tiques, m\u00e9taboliques, r\u00e9seaux de signalisation, etc.). Afin d\u2019appr\u00e9hender la complexit\u00e9 de tels r\u00e9seaux, la mod\u00e9lisation math\u00e9matique et en particulier la th\u00e9orie des syst\u00e8mes dynamiques est une cl\u00e9. Un mod\u00e8le math\u00e9matique permet d\u2019analyser les propri\u00e9t\u00e9s fondamentales d\u2019un syst\u00e8me et de le simuler dans diff\u00e9rentes conditions afin de valider biologiquement le mod\u00e8le et d\u2019en tester ses limites.<\/p>\n

Le projet ICycle (2017-20), financ\u00e9 par l\u2019ANR, est un projet de recherche interdisciplinaire regroupant trois partenaires acad\u00e9miques reconnus (INRA-MaIAGE, Jouy-en-Josas, Inria-BIOCORE, Sophia-Antipolis et iBV, Nice) autour de la mod\u00e9lisation et de l\u2019analyse de deux syst\u00e8mes de r\u00e9gulation centraux chez les cellules mammif\u00e8res : le cycle de division cellulaire et l\u2019horloge circadienne. Dans le cadre de ce projet, une th\u00e8se de math\u00e9matiques appliqu\u00e9es est financ\u00e9e<\/strong>, centr\u00e9e sur l\u2019analyse de diff\u00e9rentes classes de syst\u00e8mes dynamiques pertinentes pour la mod\u00e9lisation de r\u00e9seaux de r\u00e9gulation biologique.<\/p>\n

Sujet de la th\u00e8se<\/strong> : L\u2019objectif de la th\u00e8se est de produire des m\u00e9thodes et outils originaux (math\u00e9matiques, algorithmiques et computationnels) pour l\u2019analyse de mod\u00e8les dynamiques de r\u00e9seaux cellulaires. Deux familles de syst\u00e8mes dynamiques sont particuli\u00e8rement vis\u00e9es : les syst\u00e8mes discrets et les syst\u00e8mes d\u2019\u00e9quations diff\u00e9rentielles ordinaires (EDO). Les syst\u00e8mes dynamiques discrets, et notamment les r\u00e9seaux Bool\u00e9ens asynchrones<\/strong>, constituent une classe de syst\u00e8mes int\u00e9ressante pour mod\u00e9liser des r\u00e9seaux cellulaires [1]. Leur grain grossier et leur maniabilit\u00e9 informatique permettent de repr\u00e9senter les interactions entre des processus h\u00e9t\u00e9rog\u00e8nes, parfois mal connus, et ainsi analyser la dynamique qualitative de r\u00e9seaux d\u2019une vingtaine de variables biologiques. Dans un premier temps, le\/la doctorant(e) se familiarisera avec ce type de syst\u00e8mes, bien ma\u00eetris\u00e9s par les \u00e9quipes d\u2019accueil. Il ou elle contribuera notamment au d\u00e9veloppement d\u2019outils (math\u00e9matiques et\/ou informatiques) pour leur analyse<\/strong>, comme par exemple : l\u2019inf\u00e9rence d\u2019interactions op\u00e9rationnelles [2], la g\u00e9n\u00e9ralisation \u00e0 des variables multivalu\u00e9es [3] ou encore le d\u00e9veloppement d\u2019une bo\u00eete \u00e0 outil informatique. R\u00e9cemment, les membres de l\u2019\u00e9quipe d\u2019accueil ont pos\u00e9 les bases d\u2019une nouvelle approche pour interconnecter plusieurs r\u00e9seaux asynchrones [4]. Cette approche a de nombreux potentiels int\u00e9ressants pour la biologie, que ce soit pour la r\u00e9duction de mod\u00e8le ou pour l\u2019analyse de r\u00e9seaux multicellulaires. Le\/la doctorant(e) sera ainsi amen\u00e9(e) \u00e0 d\u00e9velopper des m\u00e9thodes originales pour l\u2019analyse dynamique de grands r\u00e9seaux d\u2019interaction<\/strong>.<\/p>\n

Le second objectif de la th\u00e8se est de proposer des m\u00e9thodes effectives pour transf\u00e9rer des informations dynamiques obtenues par l\u2019analyse discr\u00e8te dans le cadre plus g\u00e9n\u00e9ral des EDO. Ceci pourra notamment passer par une classe de syst\u00e8mes diff\u00e9rentiels affines par morceaux qui comportent une forte composante discr\u00e8te [5]. Au-del\u00e0 de la recherche de th\u00e9or\u00e8mes d\u2019\u00e9quivalence g\u00e9n\u00e9raux, on s\u2019int\u00e9ressera davantage \u00e0 un transfert op\u00e9rationnel de propri\u00e9t\u00e9s dynamiques pertinentes du cadre discret vers le cadre continu<\/strong> (par exemple : existence d\u2019un attracteur unique, coexistence d\u2019attracteurs multiples, stabilit\u00e9, sensibilit\u00e9\/robustesse par rapport \u00e0 diff\u00e9rents param\u00e8tres cl\u00e9s, etc.). Ce transfert est d\u2019autant plus riche qu\u2019il est bas\u00e9 sur des syst\u00e8mes biologiques concrets, autour de questions biologiques pr\u00e9cises. A ce titre, l\u2019application aux mod\u00e8les construits au sein du consortium d\u2019ICycle fournira un cadre interdisciplinaire id\u00e9al pour d\u00e9velopper, tester et affiner les m\u00e9thodes produites.<\/p>\n

Profil recherch\u00e9 :<\/strong> Master (ou \u00e9quivalent) en math\u00e9matiques appliqu\u00e9es ou en informatique avec une composante en syst\u00e8mes dynamiques et\/ou automatique. Des comp\u00e9tences en algorithmique et en programmation seront appr\u00e9ci\u00e9es (connaissance d\u2019un langage de programmation ou d\u2019un logiciel de calcul scientifique tel que Matlab). Aucun pr\u00e9requis en biologie n\u2019est exig\u00e9, mais le ou la candidat(e) devra avoir un go\u00fbt prononc\u00e9 pour les applications en sciences du vivant.<\/p>\n

Bibliographie<\/strong>
\n[1] L Calzone, L Tournier et al (2010) PLoS Comp Biol, 6(3):e1000702.
\n[2] L Tournier, M Chaves (2009) J Theor Biol, 260(2):196\u2013209.
\n[3] M Chaves, L Tournier et al (2010) Acta biotheor, 58(2-3):217\u2013232.
\n[4] L Tournier, M Chaves (2013) Automatica, 49(4):884\u2013893.
\n[5] M Chaves and JL Gouz\u00e9 (2011) Automatica, 47:1105\u20131112.<\/p>\n

Informations pratiques :<\/strong> La th\u00e8se est financ\u00e9e dans le cadre du projet ANR ICycle (salaire brut mensuel 1750 \u20ac environ). Les travaux devront d\u00e9buter au plus tard avant octobre 2017. L\u2019encadrement de la th\u00e8se sera assur\u00e9 par Laurent Tournier, charg\u00e9 de recherches INRA, Madalena Chaves, charg\u00e9e de recherches Inria et Vincent Fromion, directeur de recherches INRA. Les travaux auront lieu \u00e0 l\u2019INRA de
\nJouy-en-Josas, au sein du laboratoire MaIAGE, dans l\u2019\u00e9quipe de Biologie des Syst\u00e8mes. Des d\u00e9placements ponctuels \u00e0 l\u2019Inria de Sophia-Antipolis (\u00e9quipe BIOCORE) sont pr\u00e9vus.
\nLes candidats int\u00e9ress\u00e9s doivent envoyer un e-mail \u00e0 laurent.tournier@inra.fr, en joignant un CV d\u00e9taill\u00e9, comprenant notamment les notes de Master disponibles ainsi que le nom d\u2019une ou deux r\u00e9f\u00e9rence(s).<\/p>","protected":false},"excerpt":{"rendered":"

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