L’orchestre du vivant

Bienvenu dans l’incroyable opéra où se joue le plus grand orchestre du vivant !

Devant vous, sur cette scène, se trouve des entités biologiques : les musiciennes et musiciens les plus compétents d’un être vivant.

• Les violonistes sur le devant de la scène sont les protéines.
• Les percussions dans le fond sont les gènes.
• Sur la droite, vous verrez les différents cuivres qui sont des molécules. Par exemple les tubas sont les acides gras et les trompettes sont les sucres.
• Et ainsi de suite, chaque entité biologique joue un instrument en particulier.

Maintenant si vous regardez un peu plus attentivement cet orchestre, vous remarquerez qu’il n’est pas aussi conventionnel et bien en ordre qu’un orchestre symphonique comme on a l’habitude d’en voir.

En effet, vous remarquerez que les entités biologiques ne jouent pas toujours ensemble et ne semblent pas se préoccuper des autres et changent même de place pendant le spectacle ! Certaines sont remarquables par leurs superbes chemises à fleurs, d’autres par leurs chapeaux haut de forme… Cela parait désordonné et pourtant c’est un orchestre incroyable et très complexe !

Cet orchestre est tellement doué qu’il est impossible de saisir avec exactitude toutes les particularités qui font la magie de sa mélodie vivante. Je vous explique…

Souvent, les scientifiques spécialistes des orchestres biologiques se concentrent sur l’écoute d’un groupe d’instrument en particulier.

Par exemple, intéressons-nous seulement aux violonistes – c’est-à-dire aux protéines – leur partition individuelle nous indique avec quel.le autre musicien.ne elles jouent en duo et donc on peut savoir avec quelles autres entités biologiques elles s’entendent bien et avec qui elles révisent.

Cette indication donne une bonne idée de la mélodie et permet de comprendre quelques particularités de la dynamique de l’orchestre.

Mais si au lieu d’écouter un seul groupe d’instrument, on écoutait tout l’orchestre jouer en même temps ? La beauté du morceau serait plus facile à déceler !

Mais comme vous le voyez cet orchestre est vraiment très grand et dispersé, c’est donc une tâche très compliquée de comprendre la mélodie dans son intégralité.

C’est ce que des spectateurs adeptes de musique mais aussi de grands fans de rangement et d’organisation essaient de faire.

Ces passionnés se sont lancés le défi de représenter toutes les informations possibles sur l’orchestre et ses musiciennes et musiciens.

Cela donne un grand dessin de l’orchestre, où chaque musicienne et musicien est représenté.e par un rond d’une couleur particulière suivant son instrument, et où des traits , de couleurs eux aussi, les relient de manière à représenter s’ils sont assis à côté dans l’orchestre (localisation cellulaire des molécules), s’il existe des duos (molécules qui interagissent), s’ils portent la même veste (caractéristiques communes), s’ils portent le même couvre-chef (protéines de la même famille), etc…

Le défi du chef d’orchestre ensuite est d’identifier dans cette organisation des petits groupes de molécules qui joueraient particulièrement bien ensemble et qui auraient en conséquence un rôle à jouer dans un mécanisme biologique bien précis !

Le spectacle va commencer, je vous invite à présent à vous installer dans vos sièges et à écouter la mélodie de la vie. »

Camille Juigne : Je suis doctorante en bioinformatique à l’INRAE et à l’IRISA dans l’équipe Dyliss.

Je me suis orientée vers une école d’ingénieur.e en informatique car j’aimais la logique.

Puis, plus récemment en bioinformatique. En deuxième année d’école j’ai participé à un challenge dont le but était de répondre à un besoin métier agricole par une solution numérique. J’ai pris conscience qu’il est possible mais aussi primordial d’associer les compétences informatiques, mathématiques et biologiques pour faire avancer nos connaissances en biologie et santé.

Après un stage et un poste d’ingénieure à l’IRISA dans l’équipe Dyliss, j’ai poursuivi sur une thèse en décembre 2020 à l’INRAE en collaboration avec l’IRISA, toujours dans l’équipe Dyliss. Dyliss est une équipe commune Inria, CNRS et université de Rennes 1.