{"id":166,"date":"2024-01-31T13:30:54","date_gmt":"2024-01-31T12:30:54","guid":{"rendered":"https:\/\/project.inria.fr\/mistic\/?page_id=166"},"modified":"2024-01-31T14:37:43","modified_gmt":"2024-01-31T13:37:43","slug":"soil-genetic-diversity","status":"publish","type":"page","link":"https:\/\/project.inria.fr\/mistic\/fr\/projects\/soil-genetic-diversity\/","title":{"rendered":"Diversit\u00e9 g\u00e9n\u00e9tique de sols"},"content":{"rendered":"

Carole Belliardo<\/strong>, post-doc, INRAE, Institut Sophia Agrobiotech, Sophia Antipolis, France<\/p>\n\n\n\n

Mots-clefs : <\/strong>m\u00e9tag\u00e9nomique, microbiome de sols, assemblage g\u00e9nomique, s\u00e9quen\u00e7age HiFi, benchmark m\u00e9thodologique<\/p>\n\n\n\n

Le microbiome du sol reste mal compris, mais il est essentiel de d\u00e9crypter sa diversit\u00e9 g\u00e9n\u00e9tique, compte tenu des fonctions essentielles qui sont principalement assur\u00e9es par son arsenal de prot\u00e9ines [1]. Bien que la m\u00e9tag\u00e9nomique \u00e0 lecture courte (SR) ait fourni des informations pr\u00e9cieuses sur la diversit\u00e9 des g\u00e8nes du microbiome, elle ne permet pas d’obtenir des reconstructions compl\u00e8tes du g\u00e9nome microbien. Les g\u00e9nomes assembl\u00e9s par m\u00e9tag\u00e9nomes (MAG) obtenus par SR produisent souvent des assemblages fragment\u00e9s et des ensembles de g\u00e8nes incomplets (plus de 90% des contigs <1kb et donc inutilisables pour la pr\u00e9diction des g\u00e8nes) [2].<\/p>\n\n\n\n

En utilisant le s\u00e9quen\u00e7age PacBio HiFi, nous avons pr\u00e9c\u00e9demment obtenu de longues lectures (N50 : 6kb) \u00e0 partir de m\u00e9tag\u00e9nomes de sol de culture en tunnel, d\u00e9passant la longueur des contigs provenant de m\u00e9tag\u00e9nomes \u00e0 lecture courte disponibles publiquement (N50 : 1kb) [2]. M\u00eame si une partie substantielle des lectures reste non assembl\u00e9e, nous avons r\u00e9ussi \u00e0 reconstruire des dizaines de MAG, ce qui a am\u00e9lior\u00e9 la contigu\u00eft\u00e9 des lectures englobant des g\u00e9nomes bact\u00e9riens, arch\u00e9ens et viraux provenant d’environnements terrestres. Pour comparer de mani\u00e8re plus compl\u00e8te les approches LR et SR, nous avons g\u00e9n\u00e9r\u00e9 un s\u00e9quen\u00e7age \u00e0 lecture courte \u00e0 ultra-haute profondeur sur le m\u00eame \u00e9chantillon de sol. Bien qu’avec la technologie SR, les contigs soient sensiblement plus courts, le s\u00e9quen\u00e7age \u00e0 ultra-haute profondeur semble avoir captur\u00e9 une plus grande diversit\u00e9 de taxons que le LR. Toutefois, cette impression doit \u00eatre confirm\u00e9e par une m\u00e9thode de m\u00e9tabarcodage ind\u00e9pendante.<\/p>\n\n\n\n

Le s\u00e9quen\u00e7age HiFi LR pr\u00e9sente un potentiel significatif pour \u00e9lucider la complexit\u00e9 de la reconstruction des g\u00e9nomes microbiens du sol. N\u00e9anmoins, plusieurs consid\u00e9rations critiques doivent encore \u00eatre abord\u00e9es, telles que la profondeur de s\u00e9quen\u00e7age n\u00e9cessaire pour capturer et reconstruire une repr\u00e9sentation significative de la biodiversit\u00e9 r\u00e9elle des microbiomes du sol.<\/p>\n\n\n\n

R\u00e9f\u00e9rences :<\/strong><\/p>\n\n\n\n

  1. Fierer, N., 2017. Nat Rev Microbiol <\/li>
  2. Belliardo, C., et al., 2022, Scientific Data 9, 311<\/li><\/ol>\n\n\n\n

    Texte int\u00e9gral : <\/strong>Belliardo et al. (2024) Exploration et quantification de la diversit\u00e9 g\u00e9n\u00e9tique des sols captur\u00e9e par le s\u00e9quen\u00e7age m\u00e9tag\u00e9nomique \u00e0 lectures courtes et longues<\/em>, hal-04423917<\/a><\/p>","protected":false},"excerpt":{"rendered":"

    Carole Belliardo, post-doc, INRAE, Institut Sophia Agrobiotech, Sophia Antipolis, France Mots-clefs : m\u00e9tag\u00e9nomique, microbiome de sols, assemblage g\u00e9nomique, s\u00e9quen\u00e7age HiFi, benchmark m\u00e9thodologique Le microbiome du sol reste mal compris, mais il est essentiel de d\u00e9crypter sa diversit\u00e9 g\u00e9n\u00e9tique, compte tenu des fonctions essentielles qui sont principalement assur\u00e9es par son arsenal\u2026<\/p>\n

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