Les sciences du num\u00e9rique ont un potentiel \u00e9norme pour faciliter et acc\u00e9l\u00e9rer le d\u00e9veloppement et d\u00e9ploiement d\u2019innovations agro-\u00e9cologiques : s\u00e9lection vari\u00e9tale optimis\u00e9e tenant compte des interactions plante-microbiome, biostimulation et gestion de l\u2019immunit\u00e9 de la plante, biocontr\u00f4le bas\u00e9 sur l\u2019usage d\u2019intrants biologiques ou sur la gestion d\u2019organismes b\u00e9n\u00e9fiques, nutrition.<\/p>\n
Les syst\u00e8mes de culture agro-\u00e9cologiques subissent une pl\u00e9thore d\u2019interactions biotiques avec des communaut\u00e9s microbiennes complexes : b\u00e9n\u00e9fiques<\/strong>, assurant des fonctions de bio-d\u00e9fense ou nutritionnelles, ou d\u00e9l\u00e9t\u00e8res<\/strong>, par notamment des parasites microbiens et pathog\u00e8nes qui exploitent les ressources de la plante. La diversit\u00e9 et la dynamique de ces interactions d\u00e9pendent des conditions \u00e9cologiques, des ph\u00e9notypes, de leur physiologie, et de l\u2019environnement abiotique. D\u00e9chiffrer les liens entre la diversit\u00e9 intersp\u00e9cifique, la structure des communaut\u00e9s et les fonctions biologiques permet de comprendre, maintenir, diagnostiquer et exploiter la dynamique communautaire qui sous-tend la sant\u00e9 d\u2019une culture et son adaptation aux stresses environnementaux.<\/p>\n Nous concevrons de nouveaux outils d\u2019analyse de donn\u00e9es multi-omiques et des mod\u00e8les spatio-temporaux multi-\u00e9chelle de communaut\u00e9s microbiennes dans les cultures. Ceci demandera des avanc\u00e9es : en m\u00e9thodes algorithmiques d\u2019apprentissage et de r\u00e9duction de dimension ; en mod\u00e9lisation, num\u00e9rique EDO\/EDP et discr\u00e8tes, de syst\u00e8mes biologiques complexes ; en m\u00e9thodes transversales IA et HPC<\/strong>. Une acquisition de donn\u00e9es en soutenir de l\u2019apprentissage et la validation en IA sera n\u00e9cessaire. Nous capitaliserons sur des plans exp\u00e9rimentaux en cours pour ancrer notre travail au d\u00e9fis pertinents en agro-\u00e9cologie tout en acqu\u00e9rant des donn\u00e9es sp\u00e9cifiques.<\/p>\n Nous utiliserons l\u2019analyse m\u00e9tag\u00e9nome genome-resolved<\/em> \u00e0 grande \u00e9chelle<\/strong> pour \u00e9tudier les propri\u00e9t\u00e9s fonctionnelles des r\u00e9seaux d\u2019interaction plante-pathog\u00e8ne. Nous impl\u00e9menterons des analyses \u00e0 l\u2019\u00e9chelle des communaut\u00e9s pour identifier les esp\u00e8ces et fonctions cl\u00e9s qui influent sur les. Des avanc\u00e9es en IA seront n\u00e9cessaires pour raffiner de m\u00e9thodes de raisonnement et pour faire face \u00e0 des donn\u00e9es bruit\u00e9es. Nous construirons des jumeaux num\u00e9riques de communaut\u00e9s microbiennes r\u00e9duites<\/strong> et syst\u00e8mes plante-microbiome, sous forme de mod\u00e8les spatio-temporaux valid\u00e9s. Nous emploierons de la culturomique pour concevoir et cultiver des communaut\u00e9s microbiennes servant comme mod\u00e8les exp\u00e9rimentaux, contr\u00f4l\u00e9s et r\u00e9p\u00e9tables, de communaut\u00e9s naturelles, pour chaque pathobiont ou symbiont d\u2019int\u00e9r\u00eat. La r\u00e9troaction plante\u2014microbiome sera caract\u00e9ris\u00e9e par l\u2019\u00e9volution des communaut\u00e9s microbiennes et la r\u00e9ponse de la plante.<\/p>\nNotre strat\u00e9gie de biologie de syst\u00e8mes<\/strong> s\u2019attaque \u00e0 des d\u00e9fis m\u00e9thodologiques induits par des applications de biocontr\u00f4le en amont et en aval. Des logiciels et outils math\u00e9matiques sortants aideront \u00e0 cerner les liens entre la structure de communaut\u00e9s microbiennes et la r\u00e9ponse de la plante, identifiant ainsi des d\u00e9terminants impactant la sant\u00e9 et traits des plantes, permettant de concevoir des id\u00e9otypes et associations d\u2019esp\u00e8ces d\u2019int\u00e9r\u00eat agronomique. Ces nouveaux outils auront en perspectif des applications translationnelles qui peuvent \u00eatre test\u00e9es dans le cadre du biocontr\u00f4le des plantes. Les donn\u00e9es acquises dans ce projet constitueront une ressource r\u00e9utilisable unique pour des scientifiques fran\u00e7ais : ceux et celles qui d\u00e9veloppent des m\u00e9thodes d\u00e9veloppent des applications ou qui repr\u00e9sentent les int\u00e9r\u00eats des porteurs d\u2019enjeux agro-\u00e9cologiques.<\/span>","protected":false},"excerpt":{"rendered":" Les sciences du num\u00e9rique ont un potentiel \u00e9norme pour faciliter et acc\u00e9l\u00e9rer le d\u00e9veloppement et d\u00e9ploiement d\u2019innovations agro-\u00e9cologiques : s\u00e9lection vari\u00e9tale optimis\u00e9e tenant compte des interactions plante-microbiome, biostimulation et gestion de l\u2019immunit\u00e9 de la plante, biocontr\u00f4le bas\u00e9 sur l\u2019usage d\u2019intrants biologiques ou sur la gestion d\u2019organismes b\u00e9n\u00e9fiques, nutrition. Les syst\u00e8mes de\u2026<\/p>\n