Coralie Muller, doctorante Inria, équipe-projet Pleiade (Inria) et UMR Biologie du Fruit et Pathologie (INRAE)
La génération de réseaux métaboliques à l’échelle du génome devient une analyse bioinformatique de routine pour les organismes individuels et les consortiums microbiens. Ces réseaux regroupent des réactions métaboliques et traduisent les informations génétique en information fonctionnelle, structurée en un réseau décrivant la consommation et la production de molécules par le biais de réactions métaboliques. Le métabolisme secondaire et ses produits naturels fournissent des fonctions, comme la résistance aux antibiotiques, qui présentent un grand intérêt pour toutes les applications liées au contrôle ou à la modification des écosystèmes microbiens.
Dans cette thèse nous explorons le lien entre les données métabolomiques, les réseaux métaboliques et moléculaires afin d’évaluer dans quelle mesure ces derniers peuvent faciliter et bénéficier des annotations de profils fonctionnels. Nous attendons des modèles nouvellement développés qu’ils fournissent une meilleure compréhension du processus de recrutement microbien par la plante : fonctions métaboliques en jeu, micro-organismes associés. En particulier, nous souhaitons détecter si la prédiction du métabolisme secondaire pourrait expliquer le recrutement de micro-organismes par l’hôte.
Voir aussi : projet de thèse en Informatique sur theses.fr
