

{"id":95,"date":"2015-06-25T01:35:08","date_gmt":"2015-06-24T23:35:08","guid":{"rendered":"https:\/\/project.inria.fr\/rnalands\/?page_id=95"},"modified":"2015-08-30T22:30:12","modified_gmt":"2015-08-30T20:30:12","slug":"research","status":"publish","type":"page","link":"https:\/\/project.inria.fr\/rnalands\/fr\/research\/","title":{"rendered":"Recherche"},"content":{"rendered":"<p>L&rsquo;\u00e9tude de la cin\u00e9tique des ARN, et l&rsquo;inclusion de m\u00e9thodes reli\u00e9es dans les pipelines standards de bioinformatique est l&rsquo;un des challenges majeurs de la bioinformatique moderne des ARN. La prise en compte de la cin\u00e9tique offre en effet une abstraction bien plus respectueuse de la r\u00e9alit\u00e9 du repliement des ARN que les m\u00e9thodes traditionnellement utilis\u00e9es, bas\u00e9es sur la minimisation d&rsquo;\u00e9nergie libre ou l&rsquo;\u00e9quilibre thermodynamique. Cependant, le d\u00e9veloppement de m\u00e9thodes bioinformatiques pr\u00e9cises et efficaces pour l&rsquo;\u00e9tude de la cin\u00e9tique des ARN est rendue difficile par la quantit\u00e9 limit\u00e9e de donn\u00e9es (faiblement structur\u00e9es), ainsi que par la difficult\u00e9 algorithmique importantes de certains des probl\u00e8mes informatiques qu&rsquo;il soul\u00e8ve.<\/p>\n<p>Le but du projet RNALands est de contourner ces difficult\u00e9s en concentrant les efforts d&rsquo;un consortium d&rsquo;experts en bioinformatique des ARN, en g\u00e9nomique et en combinatoires. Ces experts travailleront en collaboration \u00e9troite pendant la p\u00e9riode 2015-2018 \u00e0 lever les principaux verrous en cin\u00e9tique des ARN, parmi lesquels :<\/p>\n<ul>\n<li>R\u00e9unir et annoter une collection \u00e9tendue d&rsquo;exemples biologique et d&rsquo;applications de la cin\u00e9tique pour fournir des jeux de donn\u00e9es de r\u00e9f\u00e9rence permettant d&rsquo;\u00e9valuer les approches <em>in silico<\/em> disponibles;<\/li>\n<li>Concevoir des m\u00e9thodes bioinformatiques efficaces pour engendrer des ensembles simplifi\u00e9s, mais n\u00e9anmoins repr\u00e9sentatifs, de conformations pour un ARN, afin de contribuer des outils passant \u00e0 l&rsquo;\u00e9chelle pour l&rsquo;\u00e9tude de la cin\u00e9tique;<\/li>\n<li>Explorer les heuristiques pr\u00e9existantes et nouvelles pour estimer les barri\u00e8res d&rsquo;\u00e9nergies, afin d&rsquo;estimer de la vitesse de repliement des ARN dans des paysages de repliement exacts et approch\u00e9s;<\/li>\n<li>Fournir des outils permettant d&rsquo;analyser la cin\u00e9tique du repliement comme un processus de Markov, par int\u00e9gration num\u00e9rique ou par v\u00e9rification;<\/li>\n<li>\u00c9tendre et adapter ces m\u00e9thodes pour l&rsquo;\u00e9tude du repliement co-transcriptionnel, et d&rsquo;autres paysages de repliement \u00e9voluant avec le temps, permettant ainsi l&rsquo;analyse de ph\u00e9nom\u00e8nes biologiques impossibles \u00e0 analyser par les m\u00e9thodes actuelles.<\/li>\n<\/ul>\n<p><\/p>","protected":false},"excerpt":{"rendered":"<p>L&rsquo;\u00e9tude de la cin\u00e9tique des ARN, et l&rsquo;inclusion de m\u00e9thodes reli\u00e9es dans les pipelines standards de bioinformatique est l&rsquo;un des challenges majeurs de la bioinformatique moderne des ARN. La prise en compte de la cin\u00e9tique offre en effet une abstraction bien plus respectueuse de la r\u00e9alit\u00e9 du repliement des ARN  \u2026<\/p>\n<p class=\"continue-reading-button\"> <a class=\"continue-reading-link\" href=\"https:\/\/project.inria.fr\/rnalands\/fr\/research\/\">Lire la suite<i class=\"crycon-right-dir\"><\/i><\/a><\/p>\n","protected":false},"author":779,"featured_media":0,"parent":0,"menu_order":0,"comment_status":"closed","ping_status":"closed","template":"","meta":{"footnotes":"","_members_access_role":[],"_members_access_error":""},"class_list":["post-95","page","type-page","status-publish","hentry"],"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/project.inria.fr\/rnalands\/fr\/wp-json\/wp\/v2\/pages\/95","targetHints":{"allow":["GET"]}}],"collection":[{"href":"https:\/\/project.inria.fr\/rnalands\/fr\/wp-json\/wp\/v2\/pages"}],"about":[{"href":"https:\/\/project.inria.fr\/rnalands\/fr\/wp-json\/wp\/v2\/types\/page"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/project.inria.fr\/rnalands\/fr\/wp-json\/wp\/v2\/users\/779"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/project.inria.fr\/rnalands\/fr\/wp-json\/wp\/v2\/comments?post=95"}],"version-history":[{"count":5,"href":"https:\/\/project.inria.fr\/rnalands\/fr\/wp-json\/wp\/v2\/pages\/95\/revisions"}],"predecessor-version":[{"id":126,"href":"https:\/\/project.inria.fr\/rnalands\/fr\/wp-json\/wp\/v2\/pages\/95\/revisions\/126"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/project.inria.fr\/rnalands\/fr\/wp-json\/wp\/v2\/media?parent=95"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}