Mission Covid-19 Inria :
Agir, construire et modéliser pour lutter contre la Covid-19
- Session scientifique du lundi 28 juin, coordonnée et animée par Bertrand Thirion
La mission Covid-19 Inria a contribué à lancer, dans un laps de temps bref, de nombreux projets d’ingénierie et de recherche contre la Covid-19. S’il n’est pas possible de rendre compte des efforts intenses et multiples réalisés depuis mars 2020, avec nos partenaires académiques et industriels, il nous a paru intéressant de mettre en lumière certains projets où les talents des chercheurs de l’institut ont ouvert des voies nouvelles.
Nous reviendrons sur le fonctionnement global de l’institut avec Hugues Berry et discuterons des développements originaux entre les mathématiques et l’informatique avec Émilie Chouzenoux, Mélanie Prague et Marc Lavielle.
Keynote
Laetitia Atlani-Duault, Anthropologue, Directrice de recherche au CEPED (Université de Paris, IRD, INSERM),
Laetitia Atlani-Duault est présidente de l’Institut Covid19 Ad Memoriam, et Directrice du World Health Organization Collaborative Center for Research on Health and Humanitarian Policies and Practices (Université de Paris, IRD). Elle est également Professeur affiliée à Sciences Po et à l’Université Columbia, à New York.
Intervention : Traces et mémoires de la pandémie de COVID19, un enjeu majeur
L’institut Covid-19 Ad Memoriam (Université de Paris et IRD), a pour mission la collecte, l’archivage et l’analyse des traces et mémoires – ordinaires comme extraordinaires – de la pandémie Covid-19. Il a pour partenaires :
- des institutions de recherche : Institut Pasteur, CNRS, INSERM/ANRS-MIE, Sciences Po, ENS, Université de Bordeaux, Institut du médicament…
- des institutions de santé : Organisation mondiale de la santé, Santé Publique France, Haut Conseil de la Santé Publique, Fédération hospitalière de France…
- des institutions du droit et de la justice (Institut des Hautes Etudes de la Justice),
- des associations (France Victimes, ATD Quart Monde, etc.),
- et des organismes des cultes et de la culture.
Parce qu’il n’est pas d’espérance sans mémoire, l’ambition de l’institut Covid-19 Ad Memoriam est de fabriquer et faire vivre un lieu de mémoire numérique de la pandémie, espace de collecte d’archivage et d’entretien de la mémoire des expériences et événements liés à l’épidémie. Les sociétés ont toujours su inventer lors des moments dramatiques qu’elles ont traversés des manières de se les remémorer, pour réinventer des formes de coexistence. Pour ce faire, l’institut Covid-19 Ad Memoriam associe des « mondes » multiples – chercheurs, soignants, artistes, juristes, associations de victimes, autorités spirituelles et culturelles et grands courants de pensée, représentants de la société civile, … – pour élaborer une réflexion commune sur la pandémie de Covid-19, qui constitue une rupture anthropologique majeure pour la société française et, plus largement notre monde globalisé
Présentations scientifiques
1. Présentation de la mission covid-19 Inria
Hugues Berry
Directeur de recherche Inria
Adjoint au directeur scientifique en charge du domaine “Santé, biologie et planète numériques »
Inria Grenoble – Rhône-Alpes
Résumé : Inria a mis en place dès le 21 mars 2020 une mission pour coordonner la mobilisation des ressources de l’institut sur la lutte contre la Covid-19 et arbitrer les actions prioritaires à engager pour ce faire. Dans la première phase de cette mission Covid-19, la mission a accompagné le lancement de projets en réponse à des demandes identifiées d’acteurs de la crise sanitaire (cliniciens, hospitaliers, épidémiologistes, autorités publiques et associations de patients) avec l’objectif d’apporter des solutions opérationnelles dans un délai bref. Les propositions ont été examinées au fil de l’eau et plus de trente projets ont démarré entre le mois de mars et mai 2020. Ces projets témoignent par eux-mêmes de l’engagement sans précédent de tous les membres d’Inria, chercheurs, ingénieurs, et membres des services de soutien.
2. ScanCovIA : une IA pour lutter contre la Covid-19
Émilie Chouzenoux
Chercheuse au sein de l’équipe-projet Opis
Inria Saclay – Île-de-France
Résumé : Cet exposé a pour but de présenter le projet collaboratif ScanCovIA regroupant des chercheurs d’Inria Saclay, d’Owkin, de l’Institut Gustave Roussy et du Kremlin Bicetre APHP. L’objectif du projet est d’identifier les prédicteurs de la sévérité de la maladie de Covid-19 grâce à des outils d’IA. Les données cliniques, biologiques et tomodensitométriques d’un millier de patients provenant des hôpitaux partenaires ont été traitées, conduisant à un nouveau score de gravité basé sur l’IA appelé AI-severity, montrant une performance de pronostic significativement améliorée par rapport à l’état de l’art.
3. Un modèle pour le suivi des données hospitalières françaises
Marc Lavielle
Directeur de recherche Inria et responsable de l’équipe-projet Xpop
Inria Saclay – Île-de-France & École polytechnique
Résumé : Les données hospitalières fournies quotidiennement par Santé Publique France constituent un très bon indicateur pour le suivi de la dynamique de la pandémie en France. Je présenterai un modèle mathématique pour les admissions (hôpital et réanimation) qui permet d’identifier les instants où la dynamique change brusquement. Ce modèle ne prétend pas être un outil de prévision à moyen/long terme, mais plutôt un outil de surveillance de l’épidémie.
Une application web interactive permet de visualiser les données et le modèle : http://shiny.webpopix.org/covidix/app3/
4. Evaluation de l’effet de mesures non-pharmaceutiques sur le contrôle de l’épidémie de COVID-19 en France
Mélanie Prague
Chercheuse au sein de l’équipe-projet Sistm
Inria Bordeaux – Sud-Ouest
INSERM U1219, SISTM, Université de Bordeaux, Bordeaux France
Résumé : Nous avons développé un modèle dynamique multi-niveaux de l’épidémie de Covid-19 dans les différentes régions françaises. En se basant sur un modèle mécaniste Susceptible-Exposé-Infectieux-Guéri (SEIR) étendu, nous estimons l’effet de mesures non-pharmaceutiques prises par le gouvernement telles que les confinements, les couvre-feux, les fermetures d’établissements et d’écoles… L’estimation des paramètres de ces modèles non-linéaires à effet mixtes est basée sur des algorithmes SAEM et par des filtres de Kalman. Nous évaluons les capacités prédictives de ces modèles et proposons des approches innovantes d’optimisation d’allocation des mesures de contrôle de l’épidémie par apprentissage par renforcement.
Travaux réalisés par les équipes-projets Sistm (Boris Hejblum, Rodolphe Thiebaut), Monc (Annabelle Collin), Flowers (Cédric Colas, Clément Moulin-Frier, Pierre-Yves Oudeyer) et M3disim (Philippe Moireau).
